Музей оборудован в одном из помещений гостиничного комплекса островного посёлка Белое. В витринах выставлены фрагменты амфор, детали якорей, а также другие находки и их реконструкции, сделанные во время археологических раскопок на острове и в его прибрежной морской части.
По найденным фрагментам храма легендарного древнегреческого героя Ахилла (на этом месте стоит маяк) сделан макет святыни.
Кроме того, экспозиция содержит богатый иллюстративный и текстовый материал, который рассказывает об истории острова от античных времён до современности.
Отметим, что на создание экспозиции из областного бюджета выделено более 37 тыc грн.
Музей на острове Змеиный создан по рекомендации президента Украины Виктора Ющенко, который дал соответствующее распоряжение во время своей рабочей поездки в Одесском регионе в ноябре 2007.